在算量基础的定额计算中，当两个工作面存在重叠时，是否直接采用大开挖的方法需要综合考虑多个因素。首先，工作面的重叠情况直接影响到实际施工的复杂性和安全性。如果两个工作面的重叠部分较小，且不影响整体施工流程和安全，那么可以考虑直接进行大开挖，以简化施工步骤和提高效率。

然而，在实际操作中，必须充分评估重叠部分的具体情况。例如，两个工作面之间是否存在地下管线或其他障碍物，这些因素都可能影响到大开挖的可行性。因此，在决定是否直接采用大开挖之前，需要进行详细的现场勘查和施工方案设计。

此外，还需要考虑到安全因素。如果两个工作面的重叠部分较大或位置特殊，可能会增加施工过程中的安全隐患。此时，应采取适当的措施来保障施工人员的安全，并可能需要调整施工方案以适应实际情况。

综上所述，在算量基础的定额计算中处理两个工作面重叠时，并非总是直接采用大开挖的方法。应根据具体的工作面情况、安全要求以及施工条件等多方面因素进行综合分析和决策。