用人单位因员工迟到扣款的合法性问题，是一个在*********框架下需要具体分析的问题。根据******《*********》和《劳动******法》的相关规定，用人单位有权根据企业规章******对员工进行管理，但这种管理必须符合******规定，不能侵犯员工的基本权益。

首先，用人单位制定的规章******必须经过合法程序。根据《劳动******法》第四条的规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章******或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。因此，如果用人单位的规章******中明确规定了迟到的处理方式，并且该******已经经过了上述法定程序，则该规定具有******效力。

其次，在实际操作中，用人单位扣除员工工资作为迟到处罚时应当注意合理性。《工资******暂行规定》第十六条规定：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动******的约定要求其赔偿经济损失。”这表明了扣除工资作为处罚的前提是劳动者的行为给单位造成了实际损失。因此，在扣除员工工资之前，用人单位应当******证据证明该员工迟到造成了实际损失。

最后，需要强调的是，《*********》第三十六条规定：“国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时******。”因此，在处理迟到问题时，如果员工的行为并未严重违反劳动纪律且未给单位造成重大损失，则不宜采取过于严厉的处罚措施。

综上所述，在合法合规的前提下，用人单位可以依据企业规章******对员工迟到行为进行适当处罚。但同时也要注意******员工的基本权益，并确保处罚措施合理合法。