南京汽车站到南通东站的末班车时间因不同的运营公司和具体线路而有所不同。通常，长途汽车站的末班车时间较早，一般在晚上9点至10点之间。具体到南京汽车站到南通东站这条线路，建议您提前查询最新的时刻表或联系相关客运公司获取准确信息。此外，考虑到节假日或特殊时期可能会有调整，请以当日车站******为准。为确保不耽误行程，建议您在计划出行时留出足够的时间，并提前到达车站******相关手续。